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人类出现以来，人们对于精神问题一直陷入困惑中。初始的人类受其低下的认识水平的制约，只好将精神诉诸于超自然的领域中，以万物有灵或者宗教将精神对象化于无限高于自己的崇拜中。文明时代以降，人类认识水平有所提高，便企图将精神进行客体化研究，然而仍然没有从根本上解决问题。物质本原论者的最高研究水平所得出的结论是：精神是人脑的机能。但对这种机能究竟是什么以及精神如何发生的基本层面都没有搞清楚，所以只好局限于精神现象的研究。而精神本原论者则继续对象化于高于自己的无限崇拜中，或毫无实证地构筑庞大的形而上学体系来诱惑人们的崇信，其研究结论更是无法让人们从实证角度上让人们信服。更有许多人感到无法解决这个问题，所以只好束之高阁，干脆存而不论。
上述现象之所以出现主要是因受其当下认识水平和认识工具的制约，而今历史已经进入了21世纪的信息时代，信息理论和技术引领着人类认识水平有了巨大的提高。这样，时代便赋予了合理揭开因宇宙演化而诞生的精神之迷以很好的时机。
一 原初物质的被动反应性是精神产生的潜在力量
一百四十亿年前，实在宇宙因大爆炸而诞生。实在宇宙最初的物质是彼此独立的基本粒子，而后，随着宇宙温度的降低，这些基本粒子开始相互聚合而形成氢、氦等简单原子，并在此基础上聚合形成越来越大的团聚体——星云、恒星、恒星系统。这样，彼此独立的基本粒子及其聚合而形成团聚体共同构成了宇宙最原始的原初物质。这种以氢、氦等简单实在原子及其聚合而形成的恒星及恒星系统构成了原初物质的第一阶段。原初物质在此阶段的信息是单向化的，它缺少自组织结构，因此，它只能被动地承接其它信息的作用而呈现被动反应性，并因这种作用而被动地调整自己的信息组合方式和结构。原初物质的这种被动反应性并非仅仅造成死寂的世界，它也赋予了物质世界一种活力，使物质世界产生各种各样的相互作用，物质世界因此而呈现千变万化的多向性状态，这是物质世界不断走向复杂化高级化的一种潜在因素，宇宙因此而获得了不断演化的动力并因此而最终生成精神。因此，原初物质的被动反应性是精神产生的潜在力量。
由于物质的反应性，原初物质的这种被动状态必将被宇宙的演化方向所突破。随着宇宙温度的进一步降低，氢、氦等简单原初物质开始进一步结合为更大质量的新物质——分子。分子的诞生是个里程碑，因为这意味着宏观物质世界的真正开始，宇宙从此有了丰富多彩的意义，原初物质因此而发展到了第二阶段。
分子的信息不是单在的，它是在单在的信息聚合而成的实体的基础上形成的，因此，它是个复杂的初在。这个在体虽然复杂，但是却相对不稳定，它很容易改变自己的结合方式，高温下容易分解，常温下又会可能与其它物质化合，这就是无机物的特点。但是，正是因为无机物的这种容易化合的特点，他们才有可能更多地聚合在一起，并最终会通过万有引力而形成更大的在体——行星。行星是原初物质中的最大聚合体，它的形成为无机物的相互作用和化合提供了广阔的平台，在此种复杂的信息集合体中，物质的错综交杂必然会演化出更加复杂的在体。此时，物质开始有了更加复杂的结构，物质之间的反应方式也开始向复杂化多样化发展，宇宙开始被赋予更多的灵活性并因此而加速而其演化速度。这种演化的结果会使物质结构进一步复杂化，而最终演化为具有自组织结构的物体，该物体会因信息的组成复杂而具有相对的稳定性和适调性。于是，初在发展到了更加高级的阶段——有机体。
二 有机体的适应性孕育着精神的形成
有机体在其组成上必然高于原初物质的简单构成，它应该具有复杂的自组织结构，而复杂的组成意味着该种物质应该是数量众多的化合物即高分子化合物，而在已知的元素中，炭是最具备这一条件的。从化学角度分析，炭原子最外层有4个电子，既不容易失去也不容易得到电子，故相对稳定，但是却有利于每个炭原子与其它原子形成稳定的4个共价键，而且炭原子之间也可以形成共价键，既可以形成单键，还可以形成双键和三键；多外炭原子可以结合长长的炭链，也可以形成炭环，这样就为形成大分子提供了条件。炭族还有硅(Si)、锗(Ge)、锡(Sn)、铅(Pb)等元素，它们原子的最外电子层上也都有4个电子，在这些元素中硅(Si)的分布较广，但是在常温下，硅的化学性质太不活泼，除氟气、氢氟酸和强碱外，硅不跟其他物质起反应；另外，它很难像炭原子一样形成多种价键，故难以形成大分子。基本粒子难以聚合成大原子量物质，故其它原子量较重的炭族元素在自然界中分布相对较少，更难以形成大的分子。这样，得天独厚的条件使炭原子易形成在自己引领下的自组织，而这就是有机化合物。按照从简单到复杂，有机体的形成主要经过两个阶段：有机小分子的形成阶段和有机大分子的形成阶段。
在地球早期，有机小分子是溶于水中的无机物通过吸收地球表面的紫外线、闪电等能量而形成的。有机体的自组织是在炭原子的引领下形成的，这种自组织在自然界中依据炭信息所能接受的信息源状态而聚合成种类繁多的有机大分子。由于炭的结构特点，使其具有无限构成性，故它可以与外在原子有机聚合成结构越来越复杂的大分子，这种大分子是在炭原子信息与周围信息源的不断交互过程中实现的，这个交互过程所不断形成的大分子应该具有越来越维护自组织的特点来，也就是说，它所不断形成的有机大分子就会越来越不易分解，这样，不断形成的有机物在其对外作用方式上不仅已超越了初在物质的反应性，且已经随着有机物的越来越复杂而呈现出越来越明显的适应性。
适应性是大自然进化的极其光辉的一环，分子及高于分子的物质会通过适应性而能随着环境的改变不断调整自己的结构和成份，而这种调整是有机的，调整后的物质存在应该更具备活力和稳定性。原初物质也是能够随着环境而改变自己，但是它的这种改变往往意味只进行着简单的分解和重组。而适应已经不是物质自身的本性，它应该是复杂物质所形成的类似于电脑指令程序的简单类程序，这种类程序尽管还不能像真正的程序一样具有指令功能，但是它会引领着有机物演化成更加高级的有机大分子并导致生命的主体程序最终诞生。类程序是物质内化的萌芽，也是宇宙精神的萌芽，这是宇宙演化关键所在，萌芽的内化意味着生命体的即将诞生。蛋白质、核苷酸等物质就是扮演着这种关键角色。
三、生命主体程序的出现意味着精神的诞生
在形成生命大分子的过程中，核酸及蛋白质的合成具有特别重要的意义。蛋白质的合成需核酸的信息(指令)，核酸的合成又需要蛋白质(酶)催化，这一过程是在原始地球的条件下形成的。
蛋白质是由不同氨基酸按一定顺序通过肽键连接而成的肽构成的。氨基酸序列就是蛋白质的一级结构，它决定着蛋白质的空间结构和生物功能。蛋白质是一类含氮的生物高分子，分子量大，结构复杂。例如，血红蛋白的分子式是C3032H4816O812N780S8Fe4。蛋白质的结构如此复杂，正是说明了蛋白质的形成应该是处于类程序的引领下通过逐渐演化形成的，如若不是如此，仅仅靠分子偶然相遇和苛刻的物理条件是不可能做到的，因为这种机遇几乎等于0。不过，通过自组织所形成的蛋白质虽具有蛋白质的组成成分，但是在缺少核酸的情况下，它是无法做到自我复制的，因此，该种蛋白质还不具备生物体内蛋白质的许多功能，我们可称之为类蛋白质，但是这种类蛋白质的自组织程序功能已经非常接近程序的指令了，它离程序的形成仅一步之遥了。当类蛋白质的类程序已接近于指令程序时，它并不满足于现状，它会通过多种途径使自己质跃为程序指令。这样，在机遇的光顾下，类蛋白质的类程序终于遇到了一种特殊的物质——核苷酸。核苷酸链是由核苷和磷酸组成的，在氨基酸组合而成的肽链所形成的力场的作用下，脱氧核苷酸中的四种碱基核苷酸——腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）会组装出长长的核苷酸链，由于这种核苷酸链是在类程序的引领下形成的，因此，核苷酸链中的碱基配对就有可能标识蛋白质中的相应信息，这种信息的准确性会随着时间的推移以及核苷酸链与蛋白质链中的信息的交互作用而逐步增强，最终使核苷酸链成为类蛋白质链的标识码（见上图），此时，这样，发生于类蛋白质和核苷酸上类程序，就发生了本质性的变化，类蛋白质自组织中的类程序就质跃为核苷酸链上的程序指令。此时，蛋白质和核酸已经通过程序化的对应关系形成了一种逐渐稳定的互补绑定关系，真正生命意义的蛋白质和核酸就产生了。
RNA指令蛋白质合成过程的建立是在进化早期形成的。氨基酸或核苷酸在开始聚合时，其顺序完全是随机的，但一旦形成了第一个聚合物(核酸尤其如此)，这个聚合物即可影响其它聚合物的生成。核酸本身互补的化学特性(物质本身的性质)将起很大作用。例如，如果首先聚合成一条核酸链为A-A-A……，这条链将作为模板影响以后核酸链的合成，即U-U-U……将比其它核苷酸链更易生成。在原始海洋中核酸的合成虽无生物催化剂，但无机催化剂是存在的，因此核酸的聚合与复制在原始海洋中是具备条件的。在最初形成的多核苷酸自我复制过程中可能会出现错误，通过多次复制及错误，可能生成与最初样板完全不同的多核苷酸链。这些多核苷酸(RNA)由于其核苷酸顺序不同， 分子内的碱基互补所生成的立体结构也不相同，立体结构不同将导致各种RNA 复制的难易程度和稳定程度不同，在实验室中已看到在某一条件下那些易于复制并且稳定的RNA将成为优势的种类。多肽也是在氨基酸随机的结合中形成的，RNA如遇到适于本身复制的蛋白质(酶)，则此种RNA将是“强者”。因此，RNA的种类将受到自然选择的作用。在自然选择过程中，通过竞争占优势的种类复制速度快、复制准确，且产品稳定。根据外界的条件，某些RNA将在其所携带的信息及功能上占优势。另外，氨基酸随机聚合而成的某些多肽也具有催化作用，而某种蛋白质也可能催化某种RNA的复制，如果某种RNA能指令合成可催化自身复制的蛋白质，这种RNA在自然选择中将是强者。
蛋白质和核酸产生后，它们也业已形成了维持其存在的一致倾向性，这种维持其存在的一致倾向性使其呈现了一种不同于自然物质的生存性即生命主体性，作为蛋白质和核酸的统一体也因被赋予了一种超然的自主性而呈现生命状态，生命体因此而诞生。这样，通过物质的反应性和适应性两个阶段，大自然终于进化成具有程序指令的主体程序及其自主组织了，主体和作为主体性存在的生命同时得以诞生。主体性表现为程序指令性，主体的实质就是指令生命体进行自主自动运作的程序即主体程序。主体程序就是基于生命机体的形成过程而自然形成通过特定语言编码的的指令排序，是通过环境的激发而自动运行的指令程序。主体程序以生命体为载体，但本身具备非物质性，这使我们由此而找到了精神产生的现实根源和实质：主体程序运作过程对外彰显为精神性，精神的实质也就是主体程序。这样，主体、主体程序、生命体、精神具有实质上的一致性，他们均是宇宙长期演化到蛋白质和核酸阶段后，由量变而最终质跃的必然结果。
宇宙演化赋予生命所形成的的程序与目前水平计算机程序具有一定的相似性，它们实质上都是指令程序，但是指令的组成方式和功能具有具有很大差别，生命程序具有主体性，是主体程序；而目前的计算机程序还仅仅是人工设计的被动程序，则还不具备主体性能。生命的指令程序从一开始就是主体的,否则,他无法运行程序,这一点使其大大超过了现阶段的计算机，生命的指令程序仅在运行速度上低于计算机。生命的指令程序之所以是主体的,根源于他的无奈,他只能从自然的演化中形成并在自然的演化中造就自己的主体性。
生命的本质是我，但在人类“自我”视野中，我是迄今为止最不可思议的存在，我如何从一个只具被动性的死寂世界中脱颖而出，而成为一个具有自主组织的充满活力的在体？这是一个仅用自然规律难以解释的问题，但是用信息理论却可以迎刃而解。我是个主体概念，他的本性是自私的，即他具有维护自身生存和利益的本质倾向。自私是程序主体的本质特征，自私是宇宙演化最具光环的一面，由于自私，使作为自私主体的生存具备了一定的条件，这为自组织的演化的加速进行提供了充分的保障。我开启了宇宙的内化，并使最为主体程序的内化逐渐凸显。这样，自此后，宇宙就在内化（主体程序的内在演化）和外化（生命的外在进化）双重作用下，展开了它迄今为止最为绚丽多姿的演化进程。
我作为一种主体程序不能独立存在，他必须与实在相结合才能成为我之所以为我，这种实在显然已经明显区别于自然存在之实在，因为他有了主体。这种主体性主要体现在三个方面：1、功能性，构筑了自动获取能量的功能体系；2、生存性，主体具有维持自己生存的本能，会通过适应环境自行进行有利于自己的调节，这主要表现在对外界的适用性调节上，如刺激调节、安保调节、生长调节、活动调节等；3、繁衍性，主体能通过基因遗传的方式复制自己的程序片段以体现主体我的延伸。主体的上述三个方面通过其程序体现出来的，程序性是主体的实质，没有程序就无法体现主体性，但程序只是主体这之所以为主体的必要条件而不是充分条件，要判断一种程序是否能成为为主体，关键在于其是否具备上述三个特征。因此，目前的电脑程序还远不具备主体性，这需要电脑软件的飞速发展才能逐渐逼近主体性和智能性。
主体的上述三个特征就足以说明生命我对自在的完全超越性，他是一种不同于自在的在体，故称之为我在。作为主体程序的我显然是宇宙演化过程中自发地形成的，因此，我便是一种自发的主体程序，而我在则是这种自发主体程序的载体，我们又可称之为生命体。精神基于主体程序的形成而诞生后，处于初级阶段的生命体由于其主体程序相对简单，还不足以感知其精神活动而不能形成心理活动，此时的精神活动还只能主要表现为生命体的本能需求，生命体还需要不断完善的进化。
四、生命体的演化促进精神不断走向高级并最终导致心理活动出现
在生命体的发展历程中，作为精神内核的自发的主体程序展现了自主程序、主动程序、自为程序、自觉程序等四个阶段，前两个阶段属于主体程序的初级阶段，是本我的形成与发展阶段；后两个阶段属于主体程序的高级阶段，是自我的形成与发展阶段。宇宙在上述四个阶段中充分展现出其主体精神由简单到复杂的演进过程，他们均以生命体作为其存在和发展的载体。
1、在生命体的自主程序阶段，精神活动仅仅处在萌芽状态。在生命体的自主程序阶段，生命体的发展历经生命初体（自主程序的初级阶段）、神经体（自主程序的高级阶段）两个阶段阶段，其中生命初体又分为单细胞生物和多细胞生物两个阶段。作为自主程序初级阶段的生命初体的发展是个极其艰难的缓慢过程，在第一个细胞诞生后，宇宙又历经了29亿年才于6亿年前演化出第一个多细胞生命体。这个过程如此漫长，充分说明了细胞之间合作的复杂性和重要性。多细胞生物的出现具有非常重大的意义，他开启了生命向复杂生命演化的先河，意味着生命进化不断由低级到高级的可能性。多细胞生物同样展现了物质由简单到复杂的正向演化过程，多细胞的组织和器官就是这种进化的必然结果。多细胞有机体的基本生命活动仍在细胞中，形成多种生活方式的目的在于更好地进行代谢与繁殖。在程序学上，多细胞生物可以看成多台超级计算机的结合，在这个有机体内，单个细胞程序不再单独发挥作用，每个细胞的程序在相互影响，他们会采取协调一致的方法共同解决机体内部的问题。这样，单个细胞的程序必然会超出己身而联合形成整个有机体的统一程序，如此，才更能体现生命的主体性。但在神经系统出现之前，这种细胞合作还是初级的，因为他们的自组织还缺少一种高效的信息传递方式，程序引领仅会作自身组织内部的调整，这使他们在应变能力和维护自身利益能力方面还相对不足。因此，生命体的演化又进入到自主程序的高级阶段——神经体阶段。
生命初体赋予我以更强的功能，使我在发展到了神经体阶段，作为主体程序也开始由自主程序的初级阶段发展到自主程序的高级阶段。神经体是以神经细胞组合而成的神经网络为主导的我在，是感觉的存在方式，感觉是高于生命初体的自组织程序的更为高级的程序存在，它会统领自组织作更大地调整甚至是使自身发生位移。神经细胞的形成是出于生命完善自身功能的需要。单细胞动物和初级多细胞动物在受到周围环境刺激时会发生位置上的移动，但这种移动是缺少感受性的盲目，为了有效地控制这种盲动，生命初体中的部分普通细胞便分化出能感受环境并能控制自组织运动的细胞来，这就是神经细胞。神经细胞只能起源于多细胞动物。
神经体（见左图）主指（生物学上）还没有形成中枢神经系统的无脊椎动物。无脊椎动物是动物类群中比较低等的类群，它是与脊推动物相对应的一类，最明显的特征是不具有脊椎骨。包括海棉动物、腔肠动物、扁形动物、线形动物、环节动物、软件动物、节肢动物、棘皮动物等类群。
神经细胞是神经组织的基本单位，又称神经元。神经元的功能是接受某些形式的信号并对之做出反应、传导兴奋、处理并储存信息以及发生细胞之间的联结等。由于神经元的这些功能，动物才能对环境的变化做出快速整合性的反应。在系统发生上，自腔肠动物开始有神经细胞，至高等动物神经元的数目越来越多，神经系统也更为复杂。神经元的形态多种多样，但都可分为胞体和突起两部分。胞体的大小差异很大，突起的形态、数量和长短也很不相同。神经元突起又分树突和轴突两种。神经细胞的复杂性由此可见一斑，但神经细胞构成上的复杂性并非多余，而完全是基于我在进化发展的功能性需要，正是由于这种复杂性才使我在的主体性被进一步彰显，才使我在越来越自立于自然界。神经细胞的出现使生命的本我被赋予了新的生机，自主程序发展到了高级阶段，但此时的我在仍然还不能充分展示自我，此时的神经体还仅仅是向生命体更高阶段发展的一个中间。
通过对神经体的分析可以明显地看出，相互链接的神经系统对其机体的统领效果应该是远大于没有神经系统的生命初体的，这对其生命的不断进化有着深远的意义。而从神经体的一般活动可以看出，神经活动尽管极其复杂，但仍然有机理可循，而明显地呈现出信息的程序化特征。神经体在信息的处理上不仅具有细胞之间的协同合作功能，而且由于神经系统的作用，使这种协同合作有可能达到优化的效果。程序也不再是固定不变的模式，它会被神经系统加工改造而合理化。但神经体也存在明显的不足，它的神经系统由于缺少统一的指挥中心——中枢神经系统而不能对环境信息进行综合处理，这对它自身的安全和成长仍然是不足的。神经体的神经系统相对分散而缺少集中，这使其在接受神经末梢的信号时，不能进行很好梳理，因而程序的指令往往是盲目的，就主体程序的发展来看，他仅处在自主程序发展的高级阶段。他还不能够主动地捕食，这对生物机体的自身安全和生存竞争是不利的。很显然，精神于此阶段仅仅处在萌芽状态。所以，在环境信息及其机体程序的长期互相动中，无脊椎动物的神经组织逐渐有了向一个方向集中的趋势。从扁形动物开始有神经结构的分化，其头端出现了神经节。环节动物有明显的头部，头神经节增大，是脑的最初雏形。神经节的出现应该是神经系统进化的关键一步，这意味着神经元将不再是一种散漫的分布状态，他开始使神经元集中化、复杂化，这有利于对信息的集中处理。神经节的这种状况会由于其功能的强大而加速这种进化过程，这样，在相对不久的时期内，随着进脊椎动物的出现，神经系统终于进化出中枢神经系统，脑体随之出现。
2、脑体的主动程序使精神开始表现为心理活动。多细胞生物诞生后，由于生物生命体已经从基本层面上解决了生物发展多样性和复杂性的问题，故其发展非常迅速，使生命体的发展出现了生物大爆炸现象。在多细胞于6亿年前诞生后，仅仅经过0.7亿年，生命体就迅速从多细胞生物经过神经体过渡到脑体阶段。1999年，在5亿3千万年前的早寒武世澄江化石库中发现“裸体”昆明鱼和海口鱼，标致着脑体的诞生。
脑体（上图）同样是具有神经体的特征和功能，但脑体明显高于神经体，它是以中枢神经系统为主导的本我，生物学上又称为脊椎动物。在无脊椎动物时代，由于神经系统相对简单并且联系疏松，程序只是对外界刺激的简单回应，主体性只体现在程序的指令上，还无法对信息进行大量而集中的加工，因此，无脊椎动物不可能产生心理活动。心理活动只能在有了可以集中加工处理信息的中枢神经系统以后才有可能，其中大脑的活动是最关键的。生命进化到脊椎动物的脑体阶段后，由于中枢神经系统的出现和引领，主体程序开始表现出其主动性特点来，生命的主体便开始进入到主动程序阶段。
动物脊椎是脑体的主动性能的承载体，大脑是脑体出现的主要标志。脊椎动物属于脊索动物亚门，因此具备脊索动物的共同特征。脊椎动物是数量最多、结构最复杂的生物进化体，其形态结构彼此悬殊，生活方式千差万别。脑体以脑的出现为主要特征。这是一个从无脊椎动物长期演化的结果，脑体的形成首先需要神经的进一步完善。神经组织的演化经历了初现神经组织的腔肠动物的网状神经系统，再由分散的网状神经系统阶段进化为扁虫的梯形、环节动物的链状神经系统，进而到脊索动物出现中空的管状神经系统，这是一个从无到有，从分散到集中，从简单到复杂的演化历程。管状神经系统出现具有重大意义，因为在这样的神经系统中，神经元更加集中分布在管中，神经传导速度也更快。脑体并不是突变形成的，它需要神经细胞的预先集中过程，管状神经系统恰好能满足这一需求。在内在程序的约束下，管状神经最终聚集成了脊索。脊索由柔软而富有弹性的结缔组织组成，脊索细胞内充满半液态的胞质，外面包有细胞膜。脊索是一条纵贯躯体背部，在消化管之上、神经管之下并与之平行的一条索状结构，起着支持身体作用的管带状神经体。脊索形成于无脊椎动物到脊椎动物过渡门类——有脊索的尾索动物门和脊索纵贯全身的头索动物门身体内，他虽没有形成大脑，但是为向大脑的过渡提供了前提，如头索动物门就已经形成了脑泡。大脑的最终完全形成应该在脊椎动物出现的同时，但是由头索动物到脊椎动物仍然需要一个过渡阶段，因为大脑不可能是突变后一下子形成的，这需要脑泡的逐渐分化过程。在这个过程中，神经管前部首先膨大形成3个脑泡，即前脑、中脑和菱脑。以后，前脑进一步分化成端脑（大脑）和间脑，中脑不分化，菱脑分化为后脑（小脑）与延脑。脑以后的神经管发育成为脊髓。神经管中空的管腔在成体中仍保存下来，在脑中成为脑室，在脊髓中成为中央管。与此同时，柔软的脊索逐渐被骨骼所保围并形成脊椎，同时以大脑为主导的中枢神经系统也最终形成，神经系统第一次被区分为中枢神经系统和外周神经系统。这样，脊椎动物即脑体作为一个新的门类开始了他另一个进化阶段。
中枢神经系统的位置常在动物体的中轴，由明显的脑神经节、神经索或脑和脊髓以及它们之间的连接成分组成。在中枢神经系统内，大量神经细胞聚集在一起，有机地构成网络或回路。中枢神经系统是接受全身各处的传入信息，经它整合加工后成为协调的运动性传出，或者储存在中枢神经系统内成为学习、记忆的神经基础。中枢神经系统像是一部容器巨大的信息加工器，加工的结果可以出现反射活动、产生感觉或记忆。例如动物遇到伤害性的东西，会逃避躲开，这是一种反射动作。在这个反射动作中，伤害性刺激所引起的信息，传入中枢，经过中枢的加工，再经运动神经传出，引起了肌肉的活动。中枢神经系统接受传入信息后，可以传到脑的特定部位，产生感觉，这一点在人类是可以根据主观的经验明确地报告出来的，在动物或许也有同样或类似的感受。有些感觉信息传入中枢后，经过学习的过程，还可在中枢神经系统内留下痕迹，成为记忆。中枢神经系统在完成上述功能活动时，有一个非常重要的特征，即协调与整合。协调指整体作用中的各个作用结合成为和谐运动的过程；整合是指把单独的、部分的活动变成为一个完整的活动过程。这种协调和整合作用恰其体现了其主导程序的指令性作用。在这里，输出不再与输入呈一对一的关系，可以是多个输入，转化成单个输出，或者相反。这些活动都体现了中枢神经系统的协调与整合作用。如果从有机体与环境之间的相互关系来看，则中枢神经系统的功能可以归纳成两类：主动作用与对抗作用。对抗作用就是对抗外界环境给予机体的刺激，力图维持机体活动的原先状态，在生理学上称稳态性作用。这对保持机体生理状态的相对稳定，对于各种生理正常功能的进行有着重要的意义。各种先天的反射性活动，基本上都是属于这一类，如体温调节反射，食物引起的胃肠活动反射等。另一类作用并非由明显的外界刺激所引起而是由机体主动发动的，称主动作用，这在高等动物尤为明显，如猫向老鼠扑去，如人们随意想发动某个动作等。在这两种活动的基础上还可经过学习，获得新的行为。总之，在维持生命机体的活动过程中，中枢神经系统起到了中心枢纽的作用，引领着生命机体的生存与完善性发展。
中枢神经系统为信息的集中加工提供了场所，因此，动物进化到脑体时出现了重大变革，主体程序的复杂化开始有了质的飞跃。如果说，细胞的出现意味着主体程序的诞生的话，那么，脑体的出现则标志着主动程序的出现。主动程序的伟大意义在于，主体程序已经不仅仅是基于身体的协调而形成的程序，而是将主体程序升华为主体的一种相对高级的感受性——心理活动。这表现在两个方面：心理活动的本身就是一个主动编程的过程，即程序不仅仅是生命自身的编码组合，更重要的在于中枢神经系统会将这种编码进行主动地组合形成更为高级的程序；机体会在本能的诱发下，通过主动程序主动地获取营养和能量。动物的程序编码是在机体信息与外界信息互动过程中通过自组织的优化而形成的，而这种信息的存在方式主要是感性具体的，也就是说：动物的心理活动主要是建立在第一信号系统的基础上，它只有物种的经验即无条件反射和个体的经验即条件反射，而没有社会经验。
由此而知，动物脑的进化呈现出一个机能逐渐攀升的过程。无脊椎动物的“脑”并没有发展到居于神经系统主导地位的程度。低等脊椎动物脑的机能还不突出，随着动物的进化，脑也发展起来，到了鸟和哺乳动物，脑处于神经系统的主导地位。脑的变化以大脑、小脑最显著，小脑是从菱脑分化出来的；大脑是从前脑分化出来的。在进化的历程中，小脑逐渐发展；大脑大为发达成为进化的主流；中脑变化不大，相对体积减小，重要性降低。大脑最初只是一对平滑的突起，和脊髓一样，灰质位于内部。嗅叶的感觉神经元经过大脑与后面的神经元联系，大脑本身的协调作用不显著。现代鱼的大脑基本上处于这一阶段。两栖动物从古代鱼发展而来，大脑中的灰质增多，其中的突触数量也大为增加，看来它可以对从嗅感受器传来的冲动和其它感受器传来的冲动加以协调、整合。从两栖动物开始，原来位于大脑内部的灰质逐渐向外转移，最后覆盖在大脑表面，形成大脑皮层。两栖动物和许多爬行动物大脑的机能仍旧是以嗅觉为主。在高等爬行动物的大脑部分出现了新脑皮层，哺乳动物是从这类爬行动物进化而来的，原脑皮、古脑皮缩小，新脑皮层有更大的发展。在低等哺乳动物，新脑皮层也已几乎盖住了大部分前脑的表面。
由此可见，在生命体内化和外化的不断推动下，生命大脑逐渐走向高级，哺乳类使大脑发展到了一个较高的水平。但大脑的复杂化还需要进一步展开，这样，宇宙在演化到7百万年前的时候，生命体终于开始质跃为人类，并将主体程序质跃生物演化为最为高级的阶段——意识。
五 人类精神的形成
2001年7月，一个由40名法国、美国和乍得人组成的科学小组在乍得一个边远的沙漠地区发现了一个700万年前的完整的原始人类头盖骨化石后，这是迄今发现的最古老的人类化石。是否人类可从大脑及其外在形态的头盖骨中加以识别，但人类出现的标致并不在不在于其外在形态肢体上，而在于其主体程序的内化程度方面。当然，作为人类主体程序载体（人脑）的结构和机能也能展现其不同凡响的一面。
距今七八百万年以前，人类和类人猿的共同祖先——埃及古猿才开始向不同的方向进化。这种古猿的一支通过森林古猿进化成为黑猩猩、大猩猩；另一支则可能通过南方古猿、猿人发展到现代人。这个过程是在特定的环境条件下进行的。在新生代的第三纪，世界范围的造山运动很活跃，由于这样大规模的地壳运动，致使世界气候发生了较大的变化，特别是到了新生代的第四纪，气候变化加剧，出现了一系列的冰川期。在地形和气候巨大变化的影响下，原先一些连绵不断的森林逐渐变得稀疏，林中空地不断扩大，最终被稀树草原所取代。这时，生活在这里的一些古猿逐渐由树栖生活转到地面上生活，最终进化成人类，而留在森林中的那部分古猿则进化成了类人猿。人类的祖先由树上下到空旷的地面上生活后，逐渐能够使用树枝和石块等来防御猛兽，或挖掘根茎等来食用。在这个过程中，古猿的身体结构发生了重大变化，其中最重要的是由四肢行走转变成两足直立行走。这一转变不仅增强了人类祖先的生存能力，也使他们的身体结构发生了一系列适应性变化，如身体重心下移、下肢骨增长、骨盆变短增宽、脊柱从弓状变为S形等、喉结的形成。因此，可以说人体的基本结构特征都与两足直立行走有关。此外，两足直立行走还使人类祖先的前肢从用来行走和支持身体中完全解放出来，为进行各种各样的活动创造了条件，同时也为脑的进一步发展和增大创造了条件。人类的祖先在使用天然工具的过程中，逐渐学会了制造工具。在制造工具和使用工具的过程中，人祖先的语言和智慧得到飞速地发展，大脑也越来越发达，最终形成了人类及人类社会。
人类形成的上述成因只是基于外化因素，而更重要是主体程序的内化因素。由于人类祖先喉结的逐渐发达，其高效的发音器官，使主体可以逐渐用明晰的语言区分事物，当这种区分逐渐发展并最终形成了概念的时候，主体程序开始发生了质的飞跃。此时，抽象的概念所表达的程序内涵发生了巨大的膨胀，主体程序就可以运用概念进行抽象的运作，这种运作显然是非常高效的。于是，这种以概念为运作媒介的的方式便取得了心理活动的支配地位，思维被激活了，人脑业已形成以概念思维为主要特征的意识（人类精神）终于开始形成。主体程序进入了概念思维——意识的状态，生命籍此而演化为人类，人类是以概念思维——意识为主要特征的。意识运作的表现是非物质的，所以容易被神秘化，但它实质上同样是一种主动程序，是对概念的主动运作过程。不过，正是这种运作，使得主体理性认识有了本质的飞跃，智慧开始质跃为一种真正的力量，主体程序便有了他高级的意义。高级主体程序通过反思认识了自己，已经能够将主体组织与周围事物作明晰的区分，他同样是自私的，但他的心理活动不再像动物一样主要是出于刺激感应性和本能，因此，他的主体程序超出了主动程序阶段，也超出了初级主体程序阶段，而进入了高级主体程序阶段。自我程序的伟大意义在于，主体程序由简单地心理活动升华为神奇的意识状态。
这样，由于正向演化规律的作用，更由于初级主体程序的自主，宇宙终于演化出它最不可思议的存在——具有主观能动性的自我，宇宙从此进入了高级主体程序的内化时期，而高级主体程序的出现则意味着人类精神（意识）的正式诞生。人类精神（意识）的实质就是以概念为主要媒介的高级主体程序，而高级主体程序的运作也就形成了人类的心理活动。
人脑的出现是宇宙内化和外化长期相互作用而逐渐演化的结果，人脑的出现必然也导致主体程序的巨大飞跃。相对于其他动物，人类的大脑皮层几乎都是新脑皮层，原来的脑皮被包到新脑皮层内部。大脑皮层体积增大，表面出现沟、回，机能也越来越重要，成为动物体最高调节、控制中心。人脑是由大约140亿个大脑细胞组成的，平均重约1400克，由大脑、间脑、中脑、脑桥、延髓和小脑等部分组成，是个结构和功能都十分复杂的器官。其中大脑皮层是执行感觉、运动、语言和智力活动的主要器官。人脑虽然只是重约1400克卷曲裙皱的软嫩组织，但它却含有数百亿个以上的神经细胞和数百万亿乃至千万亿以上的神经连接点，并形成总长度大约达到数千千米的神经线路交织的神经网络系统。由此可以看出：大脑已经进化到这种程度——脑容量从来没有这么大；脑重与体重之比率从来没有这么高；前所未有过的一定的功能单位（例如较大的额叶和颞叶）；最高程度的神经联系即突触。
人脑既要从千变万化的环境中感受信息，又要协调和控制身体的各种运动(包括随意运动和自主性运动)，还要完成语言、注意、学习、记忆、思维、意识等奇妙的高级功能，脑内神经还有惊人的可塑性，并有分子水平上瞬息万变的生物化学动力学变化。没有人不承认脑是一个有适应能力的复杂巨系统。有人认为，每一个脑都是多相性的混杂体，但同时又是高度程序化的精确结构，今天的科学水平对它还了解太少。人脑还有巨大的潜能。所谓潜能是指某种潜在的能力或某种内在的可能性。某些资料中常常有这样粗略的估计：人类正常大脑的智力几乎是无限的，并提出了“人脑智力大约相当于1000万册图书信息量的50倍，即人类大脑有贮存亿本书信息量的能力，实际上人脑潜能只利用了5%左右”。这种估计的目的显然就是要说明人脑有巨大的潜能!其实，信息储存量只是衡量脑潜能的一个方面； 而且，脑潜能并不是天生具备和固定不变的，脑潜能和智力是在遗传因素与环境因素相互作用中发展变化的。大量事实表明：环境和教育对人的智力发展有重大作用，尤其是成长中的脑更容易受环境因素的影响。有人认为，实践和思维是智力形成的两种运动形式，思维方式的优化和更新会使人变得更聪明、更有创造性。但作为拥有高级主体程序的人类同样也是要继续演化的，人类主体的自我是通过两个程序阶段完成的：自我的渐变时期——自为程序的内化阶段；自我的激变时期——自觉程序的内化阶段。
在自为之自我阶段，生命体进化（外化）的同时，自为程序也在不断内化且引领着生命体的不断进化并占据主导地位。自我阶段的主体程序即自为程序主要是指以被特化的声音语言作为主要运作符号的意识，是一种包括主观能动性在内的精神性心理活动，它高于主动程序的地方在于：他以浓缩了大量信息的语言概念作为程序运作的主要方式，由此而大大提高了程序的运作效率，情绪思维的运作方式退居次要。这样，主体程序的内化更加迅速并不断推动着进化的飞速发展，由此展现着生命体演化的绚丽多姿。从700多万年以来的人类化石来看，自为程序的内化阶段大约可分为：南方古猿阶段、能人阶段、直立人阶段、古人阶段等四个阶段。
自为的自我拥有了思维、意识和主观能动性（即主体程序对概念及信息进行加工整理的过程），这样，真正意义上的创造性能开始出现，他使主体程序的内化第一次处在宇宙演化的显要位置。但这是一个处在朦胧状态下的初步，主体组织并没有完全扬弃动物本能，语言处在一个逐渐完善的过程，智慧在很大程度上依赖于条件反射和经验的积聚及学习，自为的自我还没有完全认识到自我的本真状态，他只是作为一个浑然的主体而本能地认识到自己的存在。自为的自我面临的是一个并没有在很大程度上改造过的原初的世界，受语言的水平所限，理性认识还较为落后；而受理性认识及自身机能和工具水平所限，自为的自我的理性认识也很难在实践中自觉地形成创新，他的创造性能也仅处在一个初始的自为状态，他的很多发明如工具的制造多是由于条件反射及经验的积聚所为，很少来自于真正的“灵感”（即思维过程）。所以，整体来看，自为的自我创造性能处在还不能把认识自觉运用到实践中去的一个自为的阶段，自为的创造性能是自为的自我的主要特征。因此，自为的主体程序还需要发展到他的更加高级的的阶段——自觉程序的内化阶段。
由于自为程序的内化水平大大提高，在历经自为阶段的四个关键环节以后，主体程序终于克服了以前的缺点，使自为的高级主体程序质跃为了自觉的高级主体程序。如果说，自为的主体程序是以概念作为主要的运作中介的话，那么，自觉的主体程序就更进一步，它是以概念的符号作为主要的运作媒介的。在此情况下，语言得以质跃，关联词语基本形成，抽象一般的概念也丰富了许多，形式思维开始出现，思维的运作效果又一次大大提高了许多。这样，连续性的意识最终形成，思维开始不满足于表面性的问题，而致力于探究深层次的问题，主观能动性开始外化出更大的实践能力，人类完全超越了物质世界，因而真正成为了生命的灵长。
自觉程序主要体现在其形式化的主观能动性上，主观能动性指的是思维加工的深化活动及思维的外化活动过程。自觉的主观能动性首先表现在抽象思维能力的提高方面。自觉阶段的新人已经能够形成较高级抽象思维能力——形式思维，赋予形式以意义。形式思维需要有能够进行思维运作的符号。形式赋予意义最早表现在艺术方面，但这种艺术最主要的是对现实的直接描述，象征意义不太明显，形式表达的内容非常肤浅。形式赋予意义的进一步发展阶段是图腾的出现，自觉的氏族公社人类通过类比和联想使图腾这种标志性的形式有着深刻的内涵，这样，形式才具有了它深刻的内容，但图腾是表示象征意义的，它主要是用作崇拜的对象，而很少用及思维。形式思维必须有代表事物一般的符号作为运作媒介，因此，形式思维出现的标志应该是赋予抽象一般意义的符号的出现。作为抽象一般意义的符号是利用一定的媒体来代表或者指示某事物一般的东西，一个符号都由三种要素构成的：媒介是用作为符号来表征一定事物的；指涉对象是符号所表征或代表的对象；解释是解释者对符号的理解和说明。这三者构成一个完整的符号系统。也就是说，每一个物质对象，当它在交际过程中，达到了传达关于实在即关于客观世界或交际过程的任何一方的感情的，美感的，意志的等等内在体验这个目的时，它就成为一个符号。由此可见，符合的形成是个非常复杂的过程，它是思维深化的标志。符号是远离事物的高度抽象，它的外在形象简洁而代表的意义深刻，并且由于其简洁而大大减轻了思维的负荷，从而有力地提高了思维的运作效率，这必然使得新人的智慧水平有了大幅度的提高。新人阶段抽象一般意义的符号经过了实物符合和图画符号两个阶段，其表达意义简单而明了的，但是正是由于这种符号改变了人们的思维方式，使得形式思维占据了人类意识的主导地位，人类从此奠定了文明意识形态的基础。符号浓缩了大量的信息，简化了程序的运作过程，这使得主体程序大大提高了效率，人类的思维因此而插上了腾飞的翅膀，开始了以形式思维为主导的全新的思维方式。形式思维在新人阶段就已经形成，但并没有占据心理活动的优势地位，形象思维及针对具体事物的概念思维还是新人的心理活动的主要方式，这主要是由于作为抽象一般意义的符号在发展到图画符号时，仍然没有取得一个可以使其表达的意义达到合理化的方式。于是，文字作为一种合理化的符号便产生了。文字是一种涵盖声音和形象内容的交际媒介，它的发明克服了语言交际在时间和空间上的局限，使语言可以不受物质和时间条件限制。这样，人们就不再受时间和距离的限制而通过文字写成的文本相互交际。文字通过书面语能更好地记录人类的文化。这样，文字的符号化功能才真正体现出来，完全化的形式思维才得以确立。文字如此强大的功能，造就了人类物质技术手段突飞猛进，人类的精神状态也随之发生了明显地改变，生活开始逐渐变得丰富多彩，人类由此摆脱了原始社会哪种“含毛茹血”的野蛮状态。文明自此而始。
自为的自我质跃为自觉的自我后，原始人进化成现代人（新人）。现代人的机体已臻于完善，因而他的进化是些微的，宇宙的演化在他的身上更多地是呈现了程序的内化。不过，由于进化是正向的，这种些微的进化同样是必须的。现代人的完善过程是在新人阶段完成的。新人即晚期智人（左图），出现于5万年前，是现代人的直接祖先，新人的形态已经与当代人基本一致，因而是初始的现代人。
生命进化到新人阶段时，机体已臻于完善。现代人体就像一部高精度高机能的高级计算机。骨骼、肌肉、内脏器官、皮肤等的有机组合，构成了这台高级计算机的基本组成部分。从外观上看，可将人体分为头、颈、躯干和四肢四大部分。头是人体的核心部分。在坚固的城堡——颅骨内居住着人体活动的最高统帅——大脑。大脑通过脊髓指挥并协调人体的各种活动。头上还有眼、鼻、耳、口等重要器官。由7块颈椎骨排列加上周围的肌肉等构成的类似弹簧管状的颈部——脖子，是连结头和躯体的不可缺少的重要部分。正是这种特殊结构的脖子，使人体的头颅有较大的活动范围，保证大脑与躯体的正常联系和信息反馈。四肢即双上肢和双下肢，是人体行走及生产劳动的重要部分。躯干即身体的中心部分，包括前面的胸腹和后面的背腰及内部的肺、心、胃、肠、肝、脾等器官。在躯干内部的最下部分是盆腔，居有膀胱和直肠，女性还有卵巢和子宫等生殖器官。在生理状态下，身体的各部分互相协调、配合成一体，共同担负着维持人体生命活动的重任。
这样，由于主体程序演化出了思维、意识和主观能动性，主体的创造性能也开始了他的实践过程，物质由此而真正受到非自然的影响。意识对物质世界的影响远远超过了物质世界的自然进化，这使得进化失去了它在生命世界演化中的主导地位，宇宙从此进入了生命体的人类精神内化时代。至此，生命进化发展到人类时便达到了顶点，人类的身体结构也达到了最优化状态。
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